El acceso principal al santuario de San Miguel de Excelsis y en general al interior de la sierra de Aralar, se realiza desde la autovía A-15 Pamplona – San Sebastián. Se toma la salida de Lekunberri – Lekunberri sur 123, si se accede desde Pamplona, y Lekunberri norte 126, si se accede desde San Sebastián-. Desde el casco urbano de Lekunberri se gira hacia el sur para tomar la carretera NA-7510 que conduce al santuario.
La carretera atraviesa Baraibar (km. 3) y se adentra en la sierra, pasando por unos bellos bosques de hayas. En su permanente ascenso, la carretera se introduce en el Realengo-Erregenea o Monte Aralar poblado de bosque y con extensas campas (km. 11). A la altura de estas campas hay habilitados aparcamientos junto a la carretera para facilitar la permanencia de visitantes en esta zona que presenta grandes atractivos tanto en verano como en invierno.
Avanza la carretera hasta la Casa Forestal o Guardetxe (km. 13), punto estratégico para el inicio de muchas excursiones montañeras y paseos por la sierra. Desde aquí, la carretera gira hacia el este y sigue ascendiendo hasta que obtiene vistas hacia el sur de la Sakana (Barranca – Burunda). Abandona el Realengo y se adentra en el término de Uharte Arakil, pasando del bosque a las campas verdes y alcanzado, a los 1355 metros de altitud, el recinto del santuario de Aralar. Los 17 kilómetros que median entre la autovía y el santuario pueden recorrerse en 25 ó 30 minutos. Es muy importante moderar la velocidad y atender siempre las limitaciones de la señalización del tráfico.
También puede accederse al santuario de Aralar desde Uharte Arakil, por una pista encementada que sale de este núcleo urbano y asciende por la cara sur de la sierra hasta enlazar con la carretera que llega de Lekunberri, a menos de un kilómetro del santuario. Esta pista cuenta con una longitud aproximada de 11 km. y es necesario recorrerla con precaución, especialmente en el periodo invernal.